热线电话：13121318867

登录
首页精彩阅读R语言实现对基因组SNV进行注释
R语言实现对基因组SNV进行注释
2017-04-28
收藏

R语言实现对基因组SNV进行注释

很多时候，我们需要对取出的SNV进行注释，这个时候可能会在R上进行注释，通常注释文件都含有Chr(染色体)、Start(开始位点)、End(结束位点)、Description（描述），而我们的SNV文件通常是拥有Position（位置），因此我们可以先定位Chr，再用Postion去定位到Start和End之间，找到相对应的Description。为了加快速度，可以使用二分查找法。
 1 for (value in dt$value){
 2 #df:data.frame, V1 and V2 should be Start and End   value: Postition  used to find region  return:df row number where position locates  ,if no region return -1
 3     low=1
 4     high=nrow(df)
 5     mid=high %/% 2
 6     if (df[low,1] <= value & value <= df[low,2]) low
 7     else if (df[high,1] <= value & value <= df[high,2]) high
 8     else{
 9     while (value > df[mid,2] || value < df[mid,1]){
10       if (value > df[mid,2]){
11         low = mid+1
12       } else if (value < df[mid,1]) {
13         high = mid - 1
14       }
15       if(high<low){
16          mid=-1;break
17       }
18       mid=(low+high)%/%2
19     }
20       mid
21 }
22 }


CDA数据分析师考试相关入口一览（建议收藏）：

▷ 想报名CDA认证考试，点击>>>   “CDA报名” 了解CDA考试详情；

▷ 想学习CDA考试教材，点击>>> “CDA教材” 了解CDA考试详情；

▷ 想加入CDA考试题库，点击>>> “CDA题库” 了解CDA考试详情；

▷ 想了解CDA考试含金量，点击>>> “CDA含金量” 了解CDA考试详情；

R语言

数据分析咨询请扫描二维码

若不方便扫码，搜微信号：CDAshujufenxi

上一篇回归系列（一）| 怎样正确地理解线性回归
下一篇2020美国总统竞选大戏开锣，川普当选的奇迹会再发生吗？
CDA考试动态
CDA报考指南
热门栏目
最新资讯
更多
Copyright © 2015-present 北京国富如荷网络科技有限公司 All Rights Reserved.
京ICP备11001960号-9   京公网安备 11010802034615号   经营许可证编号：京B2-20210330
客服在线
立即咨询