bash脚本的新手。我有一个shell脚本，它通过终端在Matlab中运行多个纵向图像处理功能。我想在终端中并行化该过程。

以下是它如何运行的简短示例：./ script.sh * .nii -surface -m /Applications/MATLAB_R2018b.app/bin/matlab

* .nii是指在不同时间拍摄的单个主体的图像（即subj1img1 subj1img2 subj3img3）。在我的案例中，每个主题有三个图像。因此，在每次运行中，脚本都会遍历单个主题的所有图像。

我想并行化这个过程，以便我可以同时为多个主题运行此脚本。通过我的小经验阅读GNU并行，我无法弄清楚我需要编写的代码来实现它。如果有人有任何建议，我真的很感激。

解决办法：GNU并行

有一些方法可以并行运行未构建到Bash中的命令。GNU Parallel是一个可以做到这一点的工具。

GNU Parallel，顾名思义，可用于并行构建和运行命令。您可以使用不同的参数运行相同的命令，无论它们是文件名，用户名，主机名还是从文件读取的行。GNU Parallel提供了对许多最常见操作（输入行，输入行的各个部分，指定输入源的不同方式等）的简写引用。Parallel可以将xargs或feed命令从其输入源替换为几个不同的Bash实例。

有关完整说明，请参阅GNU Parallel文档。一些例子应该简要介绍它的用法。

例如，很容易将xargs替换为gzip当前目录及其子目录中的所有html文件：

find . -type f -name '*.html' -print | parallel gzip

如果需要保护特殊字符（如文件名中的换行符），请使用find的-print0选项和parallel的-0选项。

当文件数太大而无法使用一个mv调用进行处理时，可以使用Parallel从当前目录移动文件：

ls | parallel mv {} destdir

如您所见，{}被替换为从标准输入读取的每一行。虽然使用ls在大多数情况下都可以使用，但是处理所有文件名还不够。如果您需要在文件名中容纳特殊字符，则可以使用

find . -depth 1 \! -name '.*' -print0 | parallel -0 mv {} destdir

如上所述。

这将运行与当前目录中的文件一样多的mv命令。您可以通过添加-X选项来模拟并行xargs：

find . -depth 1 \! -name '.*' -print0 | parallel -0 -X mv {} destdir

GNU Parallel可以替换在从文件读取的行上操作的某些常用习语（在这种情况下，每行列出一个文件名）：

while IFS= read -r x; do

do-something1 "$x" "config-$x"

do-something2 < "$x"

done < file | process-output

更简洁的语法让人联想到lambdas：

cat list | parallel "do-something1 {} config-{} ; do-something2 < {}" |

process-output

Parallel提供了一个内置机制来删除文件扩展名，这有助于批处理文件转换或重命名：

ls *.gz | parallel -j+0 "zcat {} | bzip2 >{.}.bz2 && rm {}"