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R语言，如何切换镜像
2017-02-17
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R语言，如何切换镜像

这个技巧很重要，一般来说，R语言自带的install.packages函数来安装一个包时，都是用的默认的镜像！

如果你是用的Rstudio这个IDE，你的默认镜像就是： https://cran.rstudio.com/

如果你直接用的R语言，那么就是："http://cran.us.r-project.org" 但是一般你安装的时候会提醒你选择。

而我们一般需要更改成自己最方便的

install.packages(pkgs, lib, repos = getOption("repos"),
contriburl = contrib.url(repos, type),
method, available = NULL, destdir = NULL,
dependencies = NA, type = getOption("pkgType"),
configure.args = getOption("configure.args"),
configure.vars = getOption("configure.vars"),
clean = FALSE, Ncpus = getOption("Ncpus", 1L),
verbose = getOption("verbose"),
libs_only = FALSE, INSTALL_opts, quiet = FALSE,
keep_outputs = FALSE, ...)

如果是在国内， install.packages("ABC",repos="http://mirror.bjtu.edu.cn/ "),换成北大的镜像，飞一般的感觉！

如果想永久设置，就用options修改即可。

如果你是Rstudio的IDE，那么直接进入全局设置，一劳永逸的选择好镜像！

你可以check一下每个镜像的包是不是一致的：

dim(available.packages(contriburl = "http://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.2/"))

更改镜像主页及包的版本即可查看所有镜像各提供哪些包！

当然，我们的bioconductor其实也是有镜像的，只是大部分人都不知道，也不会去用而已！

source(" http://bioconductor.org/biocLite.R")
options(BioC_mirror=" http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
biocLite("RGalaxy")##这样就用中科大的镜像来下载包啦
## bioconductor还有很多其它镜像： https://www.bioconductor.org/about/mirrors/

##https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/utils/html/chooseBioCmirror.html



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