用R语言做Venn（韦恩）图

首先介绍一下韦恩图（英语：Venn diagram） ，也叫做文氏图、温氏图、范氏图，这都一个意思。它是数学学科中分支集合论（或者类的理论）的一支，在不太严格的意义下用来表示集合（或类）的一种草图。Veen图是用于展示在不同的事物群组（集合）之间的数学或逻辑联系，尤其适合用来表示集合（或）类之间的“大致关系”，这“大致关系”就意味着它是不精确的。它也常常被用来帮助推导（或理解推导过程）关于集合运算（或类运算）的一些规律。

学过基础数学的都知道，咱们在学习集合论的时候，绝对画过韦恩图。用韦恩图来表征分组彼此之间的关系，观察公共区域以及每个分组的单独部分的情况。在生态学以及微生态研究中会用Venn图来展示几个分组之间关系的结果。

那么用R语言应该怎样做呢？

需要加载的软件包：colorfulVennPlot

数据准备形式如下：

我们现在想知道A、B、C这3个样地之间关于共同有的OTU以及独自具有的OTU数量的关系，每个样地有3个重复样。且看用R怎样做出你想要的结果：

setwd("C:/Rwork")#设置工作目录，我的工作目录设置为C盘Rwork文件夹

library(colorfulVennPlot )#加载colorfulVennPlot软件包，当然前提是你先下载好colorfulVennPlot软件包，如果没有的话，执行以下命令来下载：

install.packages("colorfulVennPlot ")#这一步是为了下载好colorfulVennPlot软件包

a<-read.csv("practice2", header=T)#读取要分析的数据，将其命名为a

rownames(a)<-a[,1]#将上一步的a数据矩阵的第一列提取出来，因为是你要分析的部分，命名为rownames(a)，也可以是其他的名字

a<-a[,-1]#a数据的第一列作为表格的行名

head(a)#这一步不是必须的，这一步的意思是查看你新命名的a数据的前6行

grouped <- data.frame(A=rowSums(otu[,c(4,5,7)]),B=rowSums(otu[,c(1,2,6)]),C=rowSums(otu[,c(3,8,9)]))#我要详细解释这一命令的含义：根据我们之前给的practice2这个表格数据，以及我们将第一列数据作为行名。我们可以看到第4，5，7列是A样地组；1，2，6列是B样地组；3，8，9列是C样地组；我们将重复样进行求和，最终表格合并为3列A,B,C；且将其命名为grouped名字。

grouped#你可以查看合并之后的表格grouped

vennData<-createVennData(grouped,type="count",Cols=c("A","B","C"),Splits=c(0.1,0.1,0.1))#根据上述的一系列条件进行venn计算，设置颜色，类型，标签等等。

vennData#查看venn计算之后的结果

plotVenn(vennData$x,vennData$labels)#venn出图结果

结果如下：