在使用MD5作为主键的情况下，MySQL选择哪个存储引擎比较合适，需要综合考虑多个方面，包括数据安全性、操作效率、事务支持等因素。一般来说，InnoDB存储引擎是更好的选择。

首先，MD5是一种哈希算法，可以将输入的任意长度的数据转换成固定长度的哈希值。在数据库中，MD5通常被用作主键或唯一标识符，以保证数据不重复且安全性高。然而，MD5作为主键存在一些问题，例如无法排序、可能会产生碰撞等。但是，如果对于一个应用场景中，MD5主键合理的话，那么我们需要考虑如何选取合适的存储引擎。

MyISAM和InnoDB是MySQL最流行的两个存储引擎。MyISAM是一种非事务型存储引擎，它适用于大量读取的应用场景，并具有快速的插入和查询速度。相反，InnoDB是一种事务型存储引擎，可以提供核心功能，例如ACID事务、行锁定、外键约束等，适用于高并发更新、插入和查询的应用场景。

在使用MD5作为主键时，InnoDB存储引擎优于MyISAM，主要有以下几个原因：

1. 数据安全性 MD5作为主键可以保证数据的唯一性和安全性。但是，在使用MyISAM存储引擎时，如果系统意外崩溃或数据损坏，可能会导致数据丢失或损坏，从而影响数据的完整性和安全性。因为MyISAM没有提供事务支持，不能保证数据的一致性。相反，InnoDB存储引擎提供ACID事务支持，可以强制保证事务的原子性、一致性、隔离性和持久性，从而保证数据的安全性和完整性。

2. 并发访问 对于大量并发访问的应用场景，InnoDB比MyISAM更加合适。MyISAM在进行插入、更新或删除操作时需要锁定整个表，这会导致其他用户无法访问该表，从而影响并发性能。相反，InnoDB使用行级锁定，只锁定需要修改的行，可以更好地处理多个并发访问请求，从而提高了数据库的并发性能。

3. 性能优化 在MyISAM中，索引和数据是分开存放的，查询时需要先获取索引，再根据索引指向的地址获取数据，这会造成额外的IO开销。而在InnoDB中，索引和数据是存放在一起的，可以更快地访问数据。此外，InnoDB还提供了缓冲池、自适应哈希索引等特性，可以提高查询效率。

4. 外键约束 MyISAM不支持外键约束，而InnoDB支持外键约束，并且会检查参照完整性。因此，在需要使用外键的场景下，InnoDB是更好的选择。

综上所述，在使用MD5作为主键时，MySQL选择InnoDB存储引擎比较合适。InnoDB提供了事务支持、并发访问、性能优化和外键约束等功能，可以保证数据的安全性、完整性和一致性，同时也能提高数据库的性能和并发访问能力。