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Python数据挖掘之线性回归知识及预测糖尿病实例
2017-01-15
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Python数据挖掘线性回归知识及预测糖尿病实例

今天主要讲述的内容是关于一元线性回归的知识,Python实现,包括以下内容:
        1.机器学习常用数据集介绍
        2.什么是线性回顾
        3.LinearRegression使用方法
        4.线性回归判断糖尿病
        希望这篇文章对你有所帮助,尤其是刚刚接触数据挖掘以及大数据的同学,同时准备尝试以案例为主的方式进行讲解。如果文章中存在不足或错误的地方,还请海涵~
        同时这篇文章是我上课的内容,所以参考了一些知识,强烈推荐大家学习斯坦福的机器学习Ng教授课程和Scikit-Learn中的内容。由于自己数学不是很好,自己也还在学习中,所以文章以代码和一元线性回归为主,数学方面的当自己学到一定的程度,才能进行深入的分享及介绍。抱歉~
一. 数据集介绍
        1.diabetes dataset数据集
        数据集参考:http://scikit-learn.org/stable/datasets/
        这是一个糖尿病的数据集,主要包括442行数据,10个属性值,分别是:Age(年龄)、性别(Sex)、Body mass index(体质指数)、Average Blood Pressure(平均血压)、S1~S6一年后疾病级数指标。Target为一年后患疾病的定量指标。

        输出如下所示:
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Thu Oct 27 02:37:05 2016

@author: yxz15
"""

from sklearn import datasets
diabetes = datasets.load_diabetes()                         #载入数据
print diabetes.data                                         #数据
print diabetes.target                                       #类标
print u'总行数: ', len(diabetes.data), len(diabetes.target) #数据总行数
print u'特征数: ', len(diabetes.data[0])                    #每行数据集维数
print u'数据类型: ', diabetes.data.shape                    #类型
print type(diabetes.data), type(diabetes.target)            #数据集类型

"""
[[ 0.03807591  0.05068012  0.06169621 ..., -0.00259226  0.01990842
  -0.01764613]
 [-0.00188202 -0.04464164 -0.05147406 ..., -0.03949338 -0.06832974
  -0.09220405]
  ...
 [-0.04547248 -0.04464164 -0.0730303  ..., -0.03949338 -0.00421986
   0.00306441]]

[ 151.   75.  141.  206.  135.   97.  138.   63.  110.  310.  101.
  ...
64.   48.  178.  104.  132.  220.   57.]

总行数:  442 442
特征数:  10
数据类型:  (442L, 10L)
<type 'numpy.ndarray'> <type 'numpy.ndarray'>
"""
        2.sklearn常见数据集
        常见的sklearn数据集包括,强烈推荐下面这篇文章:
        sklearn包含一些不许要下载的toy数据集,见下表,包括波士顿房屋数据集、鸢尾花数据集、糖尿病数据集、手写字数据集和健身数据集等。

        3.UCI数据集
 

二. 什么是线性回归
        1.机器学习简述
        机器学习(Machine Learning )包括:
        a.监督学习(Supervised Learning):回归(Regression)、分类(Classification)
        例:训练过程中知道结果。小孩给水果分类,给他苹果告诉他是苹果,反复训练学习。在给他说过,问他是什么?他回答准确,如果是桃子,他不能回答为苹果。
        b.无监督学习(Unsupervised Learning):聚类(Clustering)
        例:训练过程中不知道结果。给小孩一堆水果,如苹果、橘子、桃子,小孩开始不知道需要分类的水果是什么,让小孩对水果进行分类。分类完成后,给他一个苹果,小孩应该把它放到苹果堆中。
        c.增强学习(Reinforcement Learning)
        例:ML过程中,对行为做出评价,评价有正面的和负面两种。通过学习评价,程序应做出更好评价的行为。
        d.推荐系统(Recommender System)
        
        2.斯坦福公开课:第二课 单变量线性回归
        这是NG教授的很著名的课程,这里主要引用52nlp的文章,真的太完美了。推荐阅读该作者的更多文章:
        Coursera公开课笔记: 斯坦福大学机器学习第二课"单变量线性回归(Linear regression with one variable)"
        <1>模型表示(Model Representation)
        房屋价格预测问题,有监督学习问题。每个样本的输入都有正确输出或答案,它也是一个回归问题,预测一个真实值的出书。
        训练集表示如下:

        对于房价预测问题,讯息过程如下所示:

        其中x代表房屋的大小,y代表预测的价格,h(hypothesis)将输入变量映射到输出变量y中,如何表示h呢?可以表示如下公式,简写为h(x),即带一个变量的线性回归或单变量线性回归问题。

       <2>成本函数(Cost Function)
        对于上面的公式函数h(x),如何求theta0和theta1参数呢?

        构想: 对于训练集(x, y),选取参数θ0, θ1使得hθ(x)尽可能的接近y。如何做呢?一种做法就是求训练集的平方误差函数(squared error function)。
        Cost Function可表示为:


        并且选取合适的参数使其最小化,数学表示如下:

        总的来说,线性回归主要包括一下四个部分,分别是Hypothesis、Parameters、Cost Function、Goal。右图位简化版,theta0赋值为0。
 
        然后令θ1分别取1、0.5、-0.5等值,同步对比hθ(x)和J(θ0,θ1)在二维坐标系中的变化情况,具体可参考原PPT中的对比图,很直观。
 
        <3>梯度下降(Gradient descent)
        应用的场景之一最小值问题:
        对于一些函数,例如J(θ0,θ1)
        目标:  minθ0,θ1J(θ0,θ1)
        方法的框架:
        a. 给θ0, θ1一个初始值,例如都等于0;
        b. 每次改变θ0, θ1的时候都保持J(θ0,θ1)递减,直到达到一个我们满意的最小值;
        对于任一J(θ0,θ1) , 初始位置不同,最终达到的极小值点也不同,例如以下例子:

        3.一元回归模型
        <1>什么是线性回归
        回归函数的具体解释和定义,可查看任何一本“概率论与数理统计”的书。我看的是“陈希孺”的。
        这里我讲几点:
        1)统计回归分析的任务,就在于根据 x1,x2,...,xp 线性回归和Y的观察值,去估计函数f,寻求变量之间近似的函数关系。
        2)我们常用的是,假定f函数的数学形式已知,其中若干个参数未知,要通过自变量和因变量的观察值去估计未知的参数值。这叫“参数回归”。其中应用最广泛的是f为线性函数的假设:

         这种情况叫做“线性回归”。
        3)自变量只有一个时,叫做一元线性回归
                                            f(x) = b0+b1x
               自变量有多个时,叫做多元线性回归。  
                                            f(x1,x2,...,xp) = b0 + b1x1 + b2x2 + ... + bpxp
        4)分类(Classification)与回归(Regression)都属于监督学习,他们的区别在于:
               分类:用于预测有限的离散值,如是否得了癌症(0,1),或手写数字的判断,是0,1,2,3,4,5,6,7,8还是9等。分类中,预测的可能的结果是有限的,且提前给定的。
               回归:用于预测实数值,如给定了房子的面积,地段,和房间数,预测房子的价格。

        <2>一元线性回归
        假设:我们要预测房价。当前自变量(输入特征)是房子面积x,因变量是房价y.给定了一批训练集数据。我们要做的是利用手上的训练集数据,得出x与y之间的函数f关系,并用f函数来预测任意面积x对应的房价。
        假设x与y是线性关系,则我们可以接着假设一元线性回归函数如下来代表y的预测值:

        我们有训练集了,那么问题就成了如何利用现有的训练集来判定未知参数 (θ0,θ1) 的值,使其让h的值更接近实际值y? 训练集指的是已知x,y值的数据集合!
        一种方法是计算它的成本函数(Cost function),即预测出来的h的值与实际值y之间的方差的大小来决定当前的(θ0,θ1)值是否是最优的!
        常用的成本函数是最小二乘法:

        <3>模型总结
        整个一元线性回归通过下面这张图总结即可:

        最后,梯度下降和多元回归模型将继续学习,当我学到一定程度,再进行分享。

三. LinearRegression使用方法
        LinearRegression模型在Sklearn.linear_model下,它主要是通过fit(x,y)的方法来训练模型,其中x为数据的属性,y为所属类型。
        sklearn中引用回归模型的代码如下:
from sklearn import linear_model       #导入线性模型
regr = linear_model.LinearRegression() #使用线性回归
print regr
        输出的函数原型如下所示:
LinearRegression(copy_X=True,
                 fit_intercept=True,
                 n_jobs=1,
                 normalize=False)
        fit(x, y): 训练。分析模型参数,填充数据集。其中x为特征,y位标记或类属性。
        predict(): 预测。它通过fit()算出的模型参数构成的模型,对解释变量进行预测其类属性。预测方法将返回预测值y_pred。

        这里推荐"搬砖小工053"大神的文章,非常不错,强烈推荐。
        引用他文章的例子,参考:scikit-learn : 线性回归,多元回归,多项式回归
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Fri Oct 28 00:44:55 2016

@author: yxz15
"""

from sklearn import linear_model       #导入线性模型
import matplotlib.pyplot as plt        #绘图
import numpy as np

#X表示匹萨尺寸 Y表示匹萨价格
X = [[6], [8], [10], [14], [18]]
Y = [[7], [9], [13], [17.5], [18]]

print u'数据集X: ', X
print u'数据集Y: ', Y

#回归训练
clf = linear_model.LinearRegression() #使用线性回归
clf.fit(X, Y)                         #导入数据集
res = clf.predict(np.array([12]).reshape(-1, 1))[0] #预测结果
print(u'预测一张12英寸匹萨价格:$%.2f' % res)

#预测结果
X2 = [[0], [10], [14], [25]]
Y2 = clf.predict(X2)

#绘制线性回归图形
plt.figure()
plt.title(u'diameter-cost curver')   #标题
plt.xlabel(u'diameter')              #x轴坐标
plt.ylabel(u'cost')                  #y轴坐标
plt.axis([0, 25, 0, 25])             #区间
plt.grid(True)                       #显示网格
plt.plot(X, Y, 'k.')                 #绘制训练数据集散点图
plt.plot(X2, Y2, 'g-')               #绘制预测数据集直线
plt.show()

        运行结果如下所示,首先输出数据集,同时调用sklearn包中的LinearRegression()回归函数,fit(X, Y)载入数据集进行训练,然后通过predict()预测数据12尺寸的匹萨价格,最后定义X2数组,预测它的价格。
数据集X:  [[6], [8], [10], [14], [18]]
数据集Y:  [[7], [9], [13], [17.5], [18]]
预测一张12英寸匹萨价格:$13.68
        输出的图形如下所示:

        线性模型的回归系数W会保存在他的coef_方法中,截距保存在intercept_中。score(X,y,sample_weight=None) 评分函数,返回一个小于1的得分,可能会小于0。
print u'系数', clf.coef_
print u'截距', clf.intercept_
print u'评分函数', clf.score(X, Y)
'''
系数 [[ 0.9762931]]
截距 [ 1.96551743]
评分函数 0.910001596424
'''

其中具体的系数介绍推荐如下资料:sklearn学习笔记之简单线性回归 - Magle

四. 线性回归判断糖尿病

        1.Diabetes数据集(糖尿病数据集)
        糖尿病数据集包含442个患者的10个生理特征(年龄,性别、体重、血压)和一年以后疾病级数指标。
        然后载入数据,同时将diabetes糖尿病数据集分为测试数据和训练数据,其中测试数据为最后20行,训练数据从0到-20行(不包含最后20行),即diabetes.data[:-20]。
from sklearn import datasets

#数据集
diabetes = datasets.load_diabetes() #载入数据

diabetes_x = diabetes.data[:, np.newaxis]  #获取一个特征
diabetes_x_temp = diabetes_x[:, :, 2]

diabetes_x_train = diabetes_x_temp[:-20]   #训练样本
diabetes_x_test = diabetes_x_temp[-20:]    #测试样本 后20行
diabetes_y_train = diabetes.target[:-20]   #训练标记
diabetes_y_test = diabetes.target[-20:]    #预测对比标记

print u'划分行数:', len(diabetes_x_temp), len(diabetes_x_train), len(diabetes_x_test)
print diabetes_x_test
        输出结果如下所示,可以看到442个数据划分为422行进行训练回归模型,20行数据用于预测。输出的diabetes_x_test共20行数据,每行仅一个特征
划分行数: 442 422 20
[[ 0.07786339]
 [-0.03961813]
 [ 0.01103904]
 [-0.04069594]
 [-0.03422907]
 [ 0.00564998]
 [ 0.08864151]
 [-0.03315126]
 [-0.05686312]
 [-0.03099563]
 [ 0.05522933]
 [-0.06009656]
 [ 0.00133873]
 [-0.02345095]
 [-0.07410811]
 [ 0.01966154]
 [-0.01590626]
 [-0.01590626]
 [ 0.03906215]
 [-0.0730303 ]]

        2.完整代码
        改代码的任务是从生理特征预测疾病级数,但仅获取了一维特征,即一元线性回归。【线性回归】的最简单形式给数据集拟合一个线性模型,主要是通过调整一系列的参以使得模型的残差平方和尽量小。
        线性模型:y = βX+b
        X:数据 y:目标变量 β:回归系数 b:观测噪声(bias,偏差
        参考文章:Linear Regression Example - Scikit-Learn
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Fri Oct 28 01:21:30 2016

@author: yxz15
"""

from sklearn import datasets
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

#数据集
diabetes = datasets.load_diabetes() #载入数据

#获取一个特征
diabetes_x_temp = diabetes.data[:, np.newaxis, 2]

diabetes_x_train = diabetes_x_temp[:-20]   #训练样本
diabetes_x_test = diabetes_x_temp[-20:]    #测试样本 后20行
diabetes_y_train = diabetes.target[:-20]   #训练标记
diabetes_y_test = diabetes.target[-20:]    #预测对比标记

#回归训练及预测
clf = linear_model.LinearRegression()
clf.fit(diabetes_x_train, diabetes_y_train)  #注: 训练数据集

#系数 残差平法和 方差得分
print 'Coefficients :\n', clf.coef_
print ("Residual sum of square: %.2f" %np.mean((clf.predict(diabetes_x_test) - diabetes_y_test) ** 2))
print ("variance score: %.2f" % clf.score(diabetes_x_test, diabetes_y_test))

#绘图
plt.title(u'LinearRegression Diabetes')   #标题
plt.xlabel(u'Attributes')                 #x轴坐标
plt.ylabel(u'Measure of disease')         #y轴坐标
#点的准确位置
plt.scatter(diabetes_x_test, diabetes_y_test, color = 'black')
#预测结果 直线表示
plt.plot(diabetes_x_test, clf.predict(diabetes_x_test), color='blue', linewidth = 3)
plt.show()
        运行结果如下所示,包括系数、残差平方和、方差分数。
Coefficients :[ 938.23786125]
Residual sum of square: 2548.07
variance score: 0.47

绘制图形如下所示,每个点表示真实的值,而直线表示预测的结果,比较接近吧。

        同时绘制图形时,想去掉坐标具体的值,可增加如下代码:
plt.xticks(())
plt.yticks(())

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